解读中药炮制的机制是中药炮制引领中药实现现代化的关键。中药炮制研究的核心是探讨中药炮制增效、减毒、改变用药目的的机制。过去20年来，研究者们在现代系统生物学体系下对中药炮制的机制进行了深入的探讨，主要集中在炮制引起的药性、药效的变化，常常使用到现代药理学与分子生物学技术、谱效相关技术、生物光子辐射技术。但是，这些技术未能真正符合中医药“整体观”内涵。随着系统生物学平台的引进，多组学技术（基因组学、转录组学、蛋白组学、代谢组学）像雨后春笋般冒出，已经开始逐步应用于中药炮制机制研究，在整体性上凸显优势。该文聚焦20年来现代系统生物体系下中药炮制机制的研究技术和方法，分析其中的局限性以及优势，指出整合系统生物学中多组学技术可重构中药炮制机制研究，为其进一步发展提供新的方向。